而“封髓丹”也有纳气归肾的功效，又能补益三焦。郑钦安写道：“夫黄柏味苦入心，禀天冬寒水之气而入肾，色黄而入脾，脾也者，调和水火之枢也，独此一味，三才之义己具。况西砂辛温，能纳五脏之气而归肾，甘草调和上下，又能伏火，真火伏藏，则人身之根蒂永固，故曰封髓。其中更有至妙者，黄柏之苦，合甘草之甘，苦甘能化阴。西砂之辛，合甘草之甘，辛甘能化阳。阴阳合化，交会中宫，则水火既济，而三才之道，其在斯矣。”
从上述描述中我们可以看出，“潜阳封髓丹”并非简单的由“三才封髓丹”演变而来。它实际上是由郑钦安分别对“潜阳丹”和“封髓丹”进行深入研究后提出的一个新的方剂。这个新的方剂既保留了原来两个方剂的功效，又通过巧妙的配伍达到了更好的治疗效果。这也体现了中医方剂学在长期实践中不断发展和创新的精神。在阅读《医理真传》的过程中，我们可以发现，两个方剂经常被用来治疗上火的现象。这类现象被作者称为“元气不纳”、“元气外越”、“真火沸腾”、“肾气不纳”、“气不归源”、“孤阳上浮”或者“虚火上冲”，它们的意思都是一样的，指的是上身的一些症状，如面肿、目病、鼻病、耳痒、口臭、咽痛、咳嗽、面红等等。为了解释这些现象，郑钦安用龙来做比喻：“若虚火上冲等症，明系水盛（水即阴也），水盛一分，龙亦盛一分（龙即火也），水高一尺，龙亦高一尺，是龙之因水盛而游，非龙之不潜而反其常。故经云：阴盛者，阳必衰，即此可悟用药之必扶阳抑阴也。”可见这里形容的虚火都是由阳虚阴盛造成的。因此，虚火也可以来自两个互相对立的因素，象《内经》所说的“阴阳者，天地之道也”，简单而深刻地描写了世间万物都是由既对立又统一的要素构成的。这个对立统一的原则也同样适用于虚火的来源：或者阴或者阳。火神派当代的另外一位优秀代表李可老中医在他所写的《李可危急重症疑难病经验辑》中说：“盖肾为先天之本，内寄命门真火，为水火之脏。肾中水火，共处一宅。水火相抱，阴平阳密（……）。若因外感内伤，致水亏于下，火失其制，古人喻为水浅不养龙，于是离位上奔；或肾水寒极，逼真火浮游于上，致成火不归原之证。”这段话深刻阐述了虚火的来源与肾脏的关系，以及治疗虚火的方法。吴佩衡先生在临床上把这两个方剂结合起来使用，使潜阳丹和封髓丹的临床应用得到了飞跃的发展，一个降虚火、一个温肾阳的功效同时发挥了作用。
潜阳封髓丹的使用根据临床的需要不断发展，又不断地经过临床实践的检验。这些调整是从吴佩衡先生开始的，经他的孙子吴荣祖老师的临床实践延续了下来。起初，在原方的基础上加了两味药∶骨碎补和细辛。关于前者，《本草求真》写道∶“味苦而温，功专入肾补骨，且能入心破血。是以肾虚耳鸣、久泻、跌仆损伤、骨痛、牙痛出血、无不用此调治”。《药性论》中更是指出骨碎补可以治上热下冷的病情。关于后者，《本草备要》中说∶“细辛之辛能行水气以润之（《内经》曰：肾苦燥，急食辛以润之）。虽手少阴引经，乃足少阴本药”。细辛善于温散太阳少阴两经之寒。到了这个阶段，潜阳封髓丹的组成有八味药，但吴荣祖老师总是习惯再加上三味药∶
1-龙骨。《本草经读》中说∶“龙骨能引逆上之火，泛滥之水”；
2-牡蛎。起潜阳的作用。通过郑钦安的描述，我们可以更好地理解这两味药的应用，在它们的收敛潜镇的基础上，作者这样解释说∶“取龙、牡有情之物，龙禀阳之灵，牡禀阴之灵，二物合而为一，取阴阳互根之意，加附子者，取其助真火以壮君火也”；
3-炒白术。炒白术和甘草巧妙的配合充分体现了补土伏火（火无土不潜藏）的道理。为了帮助我们更好地理解，吴老师喜欢用乡间烧火的方法做例子：寒冬的夜晚，农民们上床以前，在炉床里堆上一些土或者灰，既能保温，又不让火烧得太快。第二天起来一吹，便又能把火吹旺。郑钦安在“附伏火说”里解释道∶“如今之人将火煽红，而不覆之以灰，虽焰不久即灭，覆之以灰，火得伏即可久存。古人通造化之微，用一药，立一方，皆有深义。”他认为附子合甘草不但有“先后并补之义”，而且有“伏火之义”。补土伏火法也通过龙的形象反映出来∶“如坎卦之龙，初生之龙也，养于坤土之中，故曰：‘见龙在田’，虽无飞腾之志，而有化育之功。是水也，无土而不停蓄，龙也，无土而不潜藏。故土覆水上，水在地中，水中有龙，而水不至寒极，地得龙潜，而地即能冲和，水土合德，世界大成矣”。这个道理在四逆汤的组方中也体现了出来：附子本身的功用就可以降阳虚引起的虚火，炙甘草则起到了刘力红在《思考中医》里所说的温煦作用，可以避免“遇火即飞，见火即炎”的现象。另外还有一些加减，如加紫石英，《名医别录》中说这味药有“安魂魄，镇下焦”的功效，既有重镇性能又温暖肾脏。还有镇肝潜阳的磁石（这里应用“去性取用”的原则）。这些加减尽管不是最主要的，但吴老师的临床实践证明了它们可以发挥收敛命门火的作用。
这里简要地回顾了“潜阳封髓丹”在临床运用中的发展轨迹，它的主要功用是：收敛由于阴寒盛而上浮的命门之火.
这样，我们就很容易理解为什么可以用这个方剂来治疗郑钦安叫做“孤阳上浮”的上有假热、下有真寒的证候了。这种病理现象跟生理的金字塔恰恰相反。在中国，老百姓形容咽痛、口腔溃疡、目赤痛、牙龈出血、面红而热等等症状，就用“上火”这个词，但是常常误以为是阴虚、实热造成的，所以吃苦寒的黄连、板蓝根或者滋阴降火的知柏地黄丸，而不知道对这种火不能采取清法或者下法来解决，因为这样会损伤阳气；更不能用滋腻的养阴药，因为那就等于雪上加霜。正确的办法是引火归源。为了让病人更好地理解，吴老师习惯用逆子和贼子来做比喻∶命门火失去了正常的生理功能而上炎，就像一个不守规矩、不孝顺的儿子，他导致家庭关系的不和谐；对他，当然不能采取扼杀性的惩治，而应该用教育的方法，把他引回到正确的方向上来，就跟引火归宅是一样的道理。对代表实热的“贼子”，应该采取严格的措施，象在中药中的苦寒折热法、釜底抽薪法等。